La manutenzione, suddivisa in preventiva e correttiva, è l'insieme delle azioni, programmate e non, che si effettuano sulla strumentazione di campionamento e analisi volte a ridurre guasti nel sistema di misura o di parti di esso durante il suo utilizzo, al fine di poter garantire la continuità del corretto funzionamento della strumentazione. Inoltre, la manutenzione serve a ripristinare le condizioni ottimali della strumentazione.

Tutte queste operazioni sono eseguite con la finalità di fornire una serie sufficiente di valori validi dei parametri analizzati, intesi come valori che hanno una relazione diretta con i campioni standard nazionali e internazionali entro un determinato valore di incertezza, che è in genere fissata dalla normativa di riferimento.

All'attività di manutenzione si accompagnano delle tecniche di controllo della qualità dei dati, quali la taratura, in modo da verificare che i dati siano direttamente riferibili alle unità di misura. La taratura è la misura per confronto tra uno strumento e un campione di riferimento al fine di rendere confrontabili tra loro misure e  definire quanto esse siano buona approssimazione della reale quantità di una determinata sostanza nell'aria ambiente.

La strumentazione della rete di monitoraggio e delle altre postazioni fisse e mobili è sottoposta ad attività di manutenzione ordinaria, manutenzione preventiva e correttiva da ditta esterna secondo specifiche individuate dal servizio.