Con regolamento approvato con D.D.G n. 338 del 30/09/2013 l'Agenzia ha inteso esplicare le proprie attività secondo quanto disciplinato agli Art. 2 e 3 dello stesso. In particolare i processi dell'Agenzia sono classificati nel modo seguente:
- procedimenti;
- endoprocedimenti;
- adempimenti;
- attività.
Regolamento recante disposizioni sullo svolgimento dei procedimenti ed endoprocedimenti amministrativi nonché sul diritto di accesso ai documenti amministrativi ed alle informazioni ambientali